世界各国划出一定的范围来保护珍贵的动、植物及其栖息地已有很长的历史渊源，但国际上一般都把1872年经美国政府批准建立的第一个国家公园——黄石公园看作是世界上最早的自然保护区。20世纪以来自然保护区事业发展很快；特别是第二次世界大战后，在世界范围内成立了许多国际机构，从事自然保护区的宣传、协调和科研等工作，如“国际自然及自然资源保护联盟”、联合国教科文组织的“人与生物圈计划”等。全世界自然保护区的数量和面积不断增加，并成为一个国家文明与进步的象征之一。

中国古代就有朴素的自然保护思想，例如，《逸周书·大聚篇》就有：“春三月，山林不登斧，以成草木之长。夏三月，川泽不入网罟，以成鱼鳖之长。”的记载。官方有过封禁山林的措施，民间也经常自发地划定一些不准樵采的地域，并制定出若干乡规民约加以管理。此外，所谓“神木”、“风水林”、神山”、“龙山”等，虽带有封建迷信色彩，但客观上却起到了保护自然的作用，有些已具有自然保护区的雏形。中华人民共和国成立后，在建立自然保护区方面得到了发展。

到2006年底，已建立各级自然保护区2349处，其面积约占国土面积的15%。其中30处国家级自然保护区已被联合国教科文组织的“人与生物圈计划”列为国际生物圈保护区，分别是：

1.长白山自然保护区

2.卧龙自然保护区

3.鼎湖山自然保护区

4.梵净山自然保护区

5.武夷山自然保护区

6.锡林郭勒草原自然保护区

7.神农架自然保护区

8.博格达峰自然保护区

9.盐城自然保护区

10.西双版纳自然保护区

11.天目山自然保护区

12.茂兰自然保护区

13.九寨沟自然保护区

14.丰林自然保护区

15.南麂列岛自然保护区

16.山口自然保护区

17.白水江自然保护区

18.黄龙自然保护区

19.高黎贡山自然保护区

20.宝天曼自然保护区

21.赛罕乌拉自然保护区

22.达赉湖自然保护区

23.五大连池自然保护区

24.亚丁自然保护区

25.珠峰自然保护区

26.佛坪自然保护区

27.黑龙江兴凯湖自然保护区

28.广东车八岭自然保护区

29.广东封开黑石顶保护区

30.梅花山自然保护区

31.宁德兔耳岭自然保护区

截止2010年底，林业系统管理的自然保护区已达2035处，总面积1.24亿公顷，占全国国土面积的12.89%，其中，国家级自然保护区247处，面积7597.42万公顷。年末实有自然保护小区4.88万个，总面积1588万公顷。